حدث خلاف بين الشيخ محمد رفعت والإذاعة المصرية فامتنعت الإذاعة عن إذاعة القرآن بصوته، لكن المستمعين احتجوا بشدة.
وصلت للإذاعة المصرية آلاف من الرسائل من المسلمين والأقباط تطالب بعودة صوت الشيخ محمد رفعت، وكان من بين هذه الرسائل رسالة من أحد الأقباط يدعى جرجس بشارة، من شبرا بالقاهرة، يقول في رسالته التي نشرتها جريدة “الأخبار” 1998: “أعيدوا إلينا صوت الشيخ محمد رفعت، أنه يملأ قلوبنا روعة وجلالا كلما استمعنا إليه وهو يقرأ الذكر الحكيم ما تجل منه القلوب وترجع إلى علام الغيوب”.
وكان مسجد “فاضل” يقع بالقرب من شريط تروماي، وكان أغلب سائقي الشركة من الأقباط، عندما كان يمر الترام أمام المسجد يحدث صوتا مزعجا، إلا أن السائق القبطي حسب “الأخبار” كان يتعمد أن يوقف الترام حتى يستمتع بصوت الشيخ محمد رفعت، وحتى لا يغطي صوت الترام على صوت الشيخ.
الشيخ محمد رفعت ولد بحي المغربلين بالقاهرة في 9 مايو 1882 وعاش في السيدة زينب وتلقى القراءات على يد الشيخ الجريسي، وكان والده محمود رفعت مأمور قسم بالخليفة، وتعلم الشيخ رفعت المقامات الصوتية.
وتوفى الشيخ محمد رفعت في شهر مايو من عام 1950 ونعاه مفتي دمشق، بعد وفاته، قائلًا: لقد مات المصري الذي جدد للإسلام شبابه، ولا يزال بصوته المؤثر الخاشع يشع نورا من آيات الذكر الحكيم في كل إذاعات العالم ليكون ثروة عظيمة وتراثا خلدا لأمتنا يملأ عالمنا إيمانا وربيعا، وعلى الرغم من مرور أكثر من نصف قرن على وفاته فإنه لا يزال الصوت الذي يعيش في قلوب الناس باعتباره الصوت الذهبي اللامع في أذن كل مستمع حتى الذي لا يعف العربية لأنه يقرأ بإحساس ويقين، وخشية ورهبة”. حسب “الأخبار” 1998.