بدأت خلافات سيد القمني مع الجماعات الإسلامية، بقناعته أن منظومتهم تفرض على المجتمع، بالإضافة إلى معارضته لفكرة الدولة الإسلامية التي طرحوها.
قال في حوار لجريدة “الغد” 2008، أنه كان يتحتم عليه الوقوف والتصدي لهم “أنا راجل بتاع علم اجتماع ودكتوراه في فلسفة الأديان، وباحث جيد في هذه الأمور، والآن تراجعوا وقالوا أننا نريد دولة مدنية على مرجعية إسلامية”.
ولفت “القمني” إلى أنه يرى أن “الدستور المصري يزايد على ربنا عندما تقول المادة الثانية منه إن الإسلام المصدر الرئيسي للتشريع، فأنا في بيتي يزورني المسلم والشيعي والسني والبهائي والمسيحي والأرثوذكسي والبروتستانتي، وكل هؤلاء مصريون”.
سيد القمني ينفي وجود بند الدولة في كتب التفسير والقرآن الكريم
شرح “القمني” في حواره، أن الإسلام دين جاء ليكمل مكارم الأخلاق ويتمها، لم يأت لعمل دولة، وافترض أنه إذا كان هناك دولة إسلامية فقد كانت خاصة بالرسول محمد فقط كخصوصية من خصوصياته، قال “مثل أن يتزوج أكثر من أربع أزواج بسبب منطقي بسيط، وهو ليس من المنطق أن أكون أنا نبي لهذه القبائل، ويأتي ملك يرأسني وبالتالي، إذا كانت الدولة مهمة في الإسلام، فلماذا لم ينص على ذلك سورة من سور القرآن أو الأحاديث، الإسلام اهتم بشئون بسيطة جدا مثل بقرة بني إسرائيل، اهتم بالفيل هل الدولة تكن بالشأن المهم حتى تذكر صراحة أو تلميحا في كتب الإسلام”.
وشدد على أنه ليس ضد الإسلام أو المسيحية، لكنه وصف من يطالبون بفكرة الدولة الإسلامية “يتاجرون بالدين”.

جريدة الغد- 16 سبتمبر 2008
سيد القمني وصفف الكنسية القبطية الأرثوذكسية بأنها الأسوأ في العالم
وصف سيد القمني الكنيسة القبضة الأرثوذكسية بأنها الأسوأ بين كنائس العالم لشدة تحفظها في قضايا رأي أنها لا تحتمل أية تحفظ، كقضايا الحرية “إذا كلمت المسيحي وقلت له حق الطلاق، يا نهار أسود، هناك نص والنص لا يستطيع أحد أن يمسه”.
وأكد على أنه يجب أن يكون هناك تنازلات عن فكرة قدسية النص، فلكل نص وقت معين وظروف معينة، قال “هناك مثلا 23 آية قرآنية تتكلم عن العبودية وملك اليمين، وهذه الآيات خلفها فقه امل على مستوى الفقهاء الأربعة الكبار في السنة والمذهب الجعفري الشيعي، وكلهم يقر بالعبودية، أين العبودية اليوم”.